В Windows есть программа для редактирования реестра – Regedit.
Запускаете, раскрываете куст - HKEY_CURRENT_USER, в нем – Software, в нем – KCT.
Здесь есть Swnd5, в которой находятся настройки суперокон5.
По-хорошему, деинсталлятор должен сам удалять ветку Swnd5, но раз это не так, удалите ее с помощью Regedit.
Только осторожно, не повредите ничего другого, т.к. Regedit не имеет функции сохранить: все изменения вносятся в реестр СРАЗУ после того, как Вы их сделали.