Вот этих недоразумений и хочется избежать. Вы это очень правильно указали на объем работ. Нужно точное понимание заказчиком, какие варианты построения изделий для него будут возможны после окончания настройки ПО.
Можно разделять работы по настройке по типу профиля (для алюминия): холодная серия, теплая серия, раздвижка, перегородки, фасадное остекление.
Для ПВХ по типу изделия: окна, двери.