Т.е. вы хотите сказать, что предметом спора было качество изготовленных и установленных окон. Была судебная экспертиза в вашу пользу и вы проиграли суд? Напишите номер дела или выложите сюда решение суда.
Ищите адекватного очного юриста. Судя по тому, что вы тут пишите, вы в скором времени останетесь без штанов. Будет за вас счет замена окон + сопутствующие работы. И да, после того, как вы проиграете одному клиенту в доме, этот клиент поведает о своей победе соседям.
Нужно отталкиваться от конечного покупателя. НДС всегда был выгоден при работе с частными компаниями работающими с НДС. Всё остальное - с частником. "прелести" работы с НДС - миф от бухгалтера - бездельника (который будет стращать проверками налоговой и прочими сложностями).