Ставьте оконные блоки и подоконники после выполнения штукатурных работ, "грязные" работы уже кончатся и окошкам в принципе уже ничего угрожать не будет. Вопрос один - когда делать откосы? После того, как пройдут финишные малярные работы (покраска стен и потолков, оклейка обоев) - делать откосы. По-моему, идеальный вариант. А окна будете в одной фирме заказывать, ремонт в другой? Может обратиться в фирму, где делают все сразу...
А почему однозначно до ремонта? Обоснуйте. В принципе, можно, но стоит ли оно того? Стяжка, штробление стен - все таки "грязные" работы... Думаю, лучше будет поставить окошки все таки после этих работ..