Если в программе ведется склад, то она должна уметь списывать материал. в СО 2006 прогоняеете заказы через производство и по производственной накладной материал списывается, в двух словах не описать.
Если вопрос в том как отмечать расход отхода - в конце месяца при инвентаризации считаемся, по результатам формируем расходную накладную и списываем.
Монтажный материал висит на основном складе, на отгрузку перекидываем его на склад готовых изделий (потому что через производство прогонять его не правильно) откуда и отгружаем.