Мотивация персонала - отдельная тема, которая мало зависит от производства и тем более от софта.
Сдельная оплата труда - сигнал, что собственник не имеет возможности/не хочет/не умеет выстроить бизнес (выберите подходящее в вашем случае) и обеспечить загрузку производства равномерно, а риски перекладывает на плечи сотрудников. Что противоречит мотивации персонала. Более того не лучшая система оплаты труда для снижения брака: количество, превыше качества.
Дисциплина - следствие второго и первого: сотрудник который уважает руководителей и/или ценит свою работу и обеспечен работой, как правило, дисциплинирован. Анализируйте мотивы недисциплинированности.
Допустим я рядовой сотрудник, производящий операцию. Назовите мне реальные причины быть замотивированным, если я с одной стороны должен быть дисциплинирован и аккуратен (не производить брак), а с другой у меня выплаты зависит от количества, контролируют срок исполнения операции, и при необеспечении работой не считают необходимым платить. Вам нужны сотрудники которые будут готовы работать за идею.